Akcja Latarni umarłych rozgrywa się w rok po wydarzeniach opisanych w Sedinum - wiadomość z podziemi. Troje młodych ludzi - Paulina, Igor i Johann - zostaje ponownie wplątanych w sensacyjne śledztwo, tym razem dotyczące pewnego morderstwa.

Dawno, dawno temu, w pewnym małym miasteczku nad samym morzem, w starym średniowiecznym zamczysku rodzi się chłopiec, który niedługo potem zostaje królem całej Skandynawii, a w ówczesnej Europie jest nazywany Cesarzem Północy.

Mijają wieki. Rok 1941. Mroźną listopadową porą, w samo południe, nieopodal miasta dochodzi do potężnej eksplozji, która kładzie pokotem wszystkie drzewa i wybija szyby w oknach w całej okolicy. Fala uderzeniowa odczuwalna jest w promieniu kilkudziesięciu kilometrów, a w pewnej starej kaplicy zapada się posadzka.

Blisko osiemdziesiąt lat później pewnego wiosennego dnia do redakcji popularnego, szczecińskiego dziennika przychodzi wiadomość od pewnego staruszka. W jego kolejnych listach nieprawdopodobne wspomnienia i sensacyjne szczegóły przeplatają się z urojeniami z czasów wojennych. Zajmująca się tym tematem dziennikarka Paulina Weber zaczyna wątpić w zdrowie psychiczne nadawcy. Gdy w ostatnim liście zdradza on, że od wielu lat ukrywa zakopane w piwnicy zwłoki, jest już tego pewna. Pozostawione przez niego stare dokumenty z wolna zaczynają jednak odsłaniać mroczne wydarzenia, które za czasów drugiej wojny światowej rozegrały się w sennej, nadmorskiej scenerii.

W spokojny, piątkowy wieczór, w samym centrum miasta zapada się parking podziemny niedawno wzniesionego biurowca. Katastrofa budowlana odsłania nieznane podziemia, w których od końca wojny stoi wrak niemieckiej, wojskowej ciężarówki. Za podziurawioną kulami szybą szoferki tkwi trup kierowcy, a na pace znajduje się ładunek, który wywraca do góry nogami spokojne życie kilku osób - architekta, który musiał się tutaj znaleźć z racji pełnionej funkcji, dziennikarki, która, zostając po godzinach w redakcji, mimowolnie stała się uczestniczką wydarzeń oraz potomka starej, pomorskiej rodziny, który na wieść o katastrofie przybywa do miasta swoich przodków.Ich losy łączy niewinna początkowo misja odkrycia tożsamości nieboszczyka. Okoliczności zaczynają się jednak komplikować, mnożą się pytania. Wszyscy troje poszukują odpowiedzi, a to zmusza ich do zagłębienia się w trudnej i pogmatwanej historii miasta i do rekonstrukcji okruchów wydarzeń sprzed wieków.W lochach wkrótce znajdzie się kolejny nieboszczyk. Tym samym sprawy przybiorą znacznie poważniejszy obrót. Na scenie pojawiają się tajemniczy prześladowcy, a w tle nazistowska tajemnica, w którą zamieszany był Werwolf.